Acceso abierto PscB: Un navegador para explorar conjuntos de datos de secuenciación de ARN de células individuales de plantas



La secuenciación de ARN de células individuales de alto rendimiento (scRNA-Seq) proporciona un poder sin precedentes para comprender la expresión génica dentro de tejidos complejos. El desarrollo de tecnologías basadas en gotas (Klein et al., 2015Macosko et al., 2015Zheng et al., 2017), y la incomparable profundidad de datos que ofrece, significa que scRNA-Seq se ha convertido en un método fundamental para Análisis transcriptómico en estudios de metazoos. 

Con los primeros trabajos que aplican esta tecnología a los tejidos vegetales recientemente publicados (Denyer et al., 2019Jean-Baptiste et al., 2019Ryu et al., 2019Shulse et al., 2019Zhang et al., 2019), esto también se está convirtiendo rápidamente en el caso de las plantas. En previsión de la proliferación de conjuntos de datos de células vegetales, se requiere un navegador central con herramientas de visualización y análisis personalizadas para que los biólogos investiguen fácilmente los datos de scRNA-Seq con la resolución excepcional que ofrece. Los pocos navegadores disponibles actuales presentan datos de scRNA-Seq en formatos que describen la expresión en términos generales de identidad celular y etapa de desarrollo superficial pero no abarcan completamente la información de expresión espacio-temporal única y compleja inherente (Tabla complementaria S1).

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Publicado: 02 de julio de 2020

Fuente: Plant Physiology

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