La secuencia del genoma de la caña de azúcar revela que es un cultivo "dulce" con genomas "amargos"



Título original de la publicación: La secuencia de enriquecimiento objetivo de 307 accesiones de germoplasma identificó la ascendencia de híbridos antiguos y modernos y las firmas de adaptación y selección en la caña de azúcar (Saccharum spp.), Un cultivo "dulce" con genomas "amargos".

La caña de azúcar (Saccharum spp.) es un cultivo de alta eficiencia energética, principalmente para la producción de azúcar y bioetanol. La genética de la caña de azúcar y la mejora del cultivar han sido extremadamente desafiantes en gran parte debido a sus genomas complejos con altos niveles de poliploidía.

En este estudio, secuenciamos profundamente las regiones codificantes de 307 accesiones de germoplasma de caña de azúcar. Se catalogaron casi cinco millones de variaciones de secuencias.

El promedio de la profundidad de la secuencia de 98x permitió diferenciar las distintas dosis de alelos de la variación de secuencia para diferenciarse en esta colección de poliploides. Con SNP genómicos seleccionados de alta calidad, realizamos estudios genómicos de población y análisis de asociación ambiental.

Los resultados ilustraron que los antiguos híbridos de caña de azúcar, S. barberiy, S. sinense, y los híbridos modernos de caña de azúcar son significativamente diferentes en términos de composiciones genómicas, procesos de hibridación y sus potenciales contribuyentes a la ascendencia.

El análisis de ligamiento desequilibrio (LD) mostró una gran medida de LD en la caña de azúcar, con 962,4 Kbp, 2,739.2 Kbp, y 3,573.6 Kbp por S. spontaneum, S. officinarum, y los modernos híbridos, respectivamente. Se identificaron regiones y genes de barrido selectivos candidatos durante la domesticación y los procesos de selección histórica de la caña de azúcar, además de genes asociados con variables ambientales en las ubicaciones originales de la colección.

Esta investigación proporcionó una gran cantidad de recursos genómicos para la comunidad de la caña de azúcar y los análisis genómicos de la población en profundidad arrojaron luz sobre la historia del fitomejoramiento y evolución de la caña de azúcar, una especie altamente poliploide.

Traducción: Cecilia González P.



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Publicado: 14 de agosto de 2018

Fuente: Plant Biotechnology Journal

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